Les maladies sexuelles, blennorragie, syphilis, chancre mou,... existent sur le territoire de Djibouti. Traitées dans un temps relativement court, elles sont guérissables.
Rappelons que le SIDA, une fois déclaré, n'est à ce jour pas guérissable, mieux vaut donc s’en prémunir.
Les rapports doivent être protégés par des préservatifs délivrés gratuitement au personnel militaire par les gestionnaires des unités ou par le service médical. Les préservatifs féminins ne sont pas disponibles sur le territoire.
La prostitution à Djibouti est importante, les filles parfois mineures  ne sont pas suivies ou faussement suivies sur le plan du dépistage.